ImageJ是一款专业级别的图形分析工具,具有非常强大的对比功能,可以对各种显微镜下照片进行分析以及数据统计,在生物及医学图像分析中起到非常重要的作用,当然只要需要图像分析的领域,这款软件都能发挥作用,欢迎网友前来下载使用。
1、可运行于Microsoft Windows,Mac OS,Mac OS X,Linux,和Sharp Zaurus等多种平台。
2、ImageJ官方免费版能够显示,编辑,分析,处理,保存,打印8位,16位,32位的图片。
3、支持绝大部分图片格式,包括TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。
4、ImageJ支持图像栈功能,即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像, 并行处理。
5、ImageJ可以进行丰富的基本图像操作, 比如缩放,旋转, 扭曲, 平滑处理外等。
6、能进行图片的区域和像素统计, 间距角度计算, 能创建柱状图和剖面图,进行傅里叶变换。
7、ImageJ是一个开放结构的软件,基于java的公共的图像处理软件, 支持用户自定义插件和宏。
8、自带编辑器, 并且导入了java的编译器,实现了简单的IDE功能,用户可直接进行图像处理。
使用Multi-Point工具进行计数
打开ImageJ软件,File,Open打开待分析图片:
点击point工具,右击,选择Multi-Point工具,手动点击进行计数:
点击Analyze–>Measure,可以看见此时计数数量为23个,保存图片即可。
Cell Counter进行细胞计数
点击Plugins–>Analyze–>Cell Counter,界面如下:
点击Initialize,可以对不同类型的细胞进行计数:
可以看见Type1、Type2、Type3计数结果分别为2、1、2个。本方法可以同时对不同类型的细胞进行计数。点击Cell Counter中的Results就可以看见不同类型细胞的数量。Cell Counter与Multi-Point手动计数方法相比可对不同细胞类型计数。
常规自动计数过程
打开ImageJ软件,File –>Open打开需要分析的图片:
Image –> Type -> 8-bit (改为灰度图像)
Image -> Adjust -> Threshold 调节阈值,红色代表选中,使所有细胞核均被选中,Dapi图中阈值为11-255 –> Apply
注:荧光图片背景为黑色,需要勾选下面的Dark background,表示背景为黑色
Apply以后图片为:
对于豆子图片,阈值范围为37-255->Apply
Apply后得到图片为:
从上面Apply后的图片可以看到很多细胞连在一起,细胞计数时需要将其分开。
Process -> Binary -> watershed (分水岭分割方法,将连在一起的细胞分开)
得到分割效果如下:
1、首先等待ImageJ软件官方下载完成
2、使用压缩软件解压文件
3、双击运行“ImageJ.exe”开始安装
4、自定义安装目录后等待安装完成后即可注册登录使用
……
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