常见的硬盘分区格式主要有一下几种：
（1）fat16格式。Fat16是ms-DOS和早期的windows 95操作系统使用的磁盘分区格式。它采用16位文件分配表，单个逻辑驱动器的容量最大支持2gb，许多操作系统都支持这种分区格式，如dos、windows系列以及linux等。Fat16分区格式最大可以管理2 gb的逻辑驱动器，扩展分区可以大于2 g，但每个分区最多只能有65 536个镞。随着硬盘或分区容量的增大，每个镞所占的空间将越来越大，导致硬盘空间的浪费。由于分区表容量的限制，fati6创建的分区越大，磁盘上每个镞的容量也越大，造成的浪费也越大。
（2）fat32格式。Fat32格式采用32位的文件分配表，磁盘的管理能力大大增强，突破了fat16的2gb分区容量限制。将硬盘按fat32格式分区后，可以将一个大硬盘定义成一个分区而不必分为几个逻辑驱动器使用，大大方便了对磁盘的管理。Fat32使用的镞比fat16小，能有效地节约硬盘空间。目前使用的windows98/2000/xp等操作系统以及linux部分版本都支持fat32格式。
（3）ntfs。Ntfs是windows nt内核的系列操作系统支持的、一个特别为网络和磁盘配额、文件访问权限等管理安全特性设计的磁盘格式其安全性和稳定性好，在使用中不易产生文件碎片。随着以nt为内核的windows 2000/xp的普及，ntfs被广泛使用。Ntfs也是以镞为单位来存储数据文件，但ntfs中镞的大小并不依赖于磁盘或分区的大小，镞尺寸的缩小不但降低了磁盘空间的浪费，而且还减少了产生磁盘碎片的可能ntfs支持文件加密管理功能，可用户提供更高层次的安全保证。
Windows2000/xp/win7在文件系统上是向下兼容的，可以很好地支持fat16/fat32和ntfs，其中ntfs是windowsnt/2000/xp/win7专用格式，能充分有效地利用磁盘空间，支持文件及压缩、具备更好的文件安全性。如果计算机只安装windows2000、xp、win7，最好选择ntfs文件格式，其中win7系统的安装盘必须为ntfs格式，其他盘可以为fat32格式；如果安装包括windows 98在内的多重引导系统，则系统引导区（c盘)必须为fat16或fat32，否则不支持多重引导，其他分区的文件系统可以为ntfs格式。