aminoXpress特别版是一款在生物化学行业里会经常用到的CAD应用软件,它可以帮助用户来处理一些复杂的生物化学问题。我们可以通过aminoXpress来构建模块,并且还可以按照序列输入协议,从而让你轻松完成生物化学实验。
1.氨基酸分析:该模块计算氨基酸分析结果的最佳残基比。通过将水解过程中容易氧化的残留物输入“未优化残留物”部分,可以将对优化结果的影响降至最低。
2.复合构建模块组成:该模块基于构建模块(氨基酸、片段)拥有离散的重量值这一事实来识别意外产品的身份。扫描它们的组合后,偏差最小的更有可能是衍生产品。
3.消化模式:该模块通过用户定义的酶或化学模式预测消化产物。
元素分析:该模块计算序列中不同元素的理论百分比。通过进一步输入每个元素的实验百分比组成,可以识别其经验公式和/或其聚集体。
4.碎片化:该模块预测质谱中通过三种类型的键断裂产生的碎片:一氧化碳/一氧化碳、一氧化碳/碳氢化合物和碳氢化合物/碳氢化合物。生成的碎片可以直接导入到质量模块中,用于模拟质量分布模式。
5.螺旋轮/网:这个模块显示和操作螺旋结构的顺序轮/网显示。
6.同位素分布图:这个模块预测输入公式或序列的同位素分布图,以1到3的电荷变化的或模式
7.Lib组合库:本模块预测组合库(如肽库)的质谱,以1-3电荷的或模式进行。直到最后一步才进行质量舍入,以确保准确性。此外,该模块将其预测能力扩展到有机文库:随机变体可以是氨基酸、片段或两者兼有。结果还包括随机的截面残余组合
8.主题发现:该模块通过模式识别预测序列中潜在的药物活性位点。它有助于扫描预设模式或随机重复模式、潜在的药效团,以及展示相同生物活性的加载序列。
9.分子量:这个模块计算肽和蛋白质的分子量。输入可以通过常规的序列方案进行,也可以通过构建模块如氨基酸和片段进行。替代方案使模块能够计算复杂分子的分子量,例如具有保护基团的肽、肽模拟物、长分子和分支分子等。原子量的进一步使用通常扩展了模块计算任何化合物分子量的能力。
10.数据库数据库管理:这个辅助模块允许用户管理在这个程序中使用的所有数据库,如氨基酸数据库,片段附加数据库...等等。开放式设计允许用户根据他们的特定项目定制数据库。
11.序列序列加载器:这个辅助模块允许用户将序列加载并解析到相应模块的入口部分。专家系统自动识别诸如侧链、环状结构、假替换和附加加合物的属性。
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